Francisco Morato conta com um programa muito importante, o Programa Saúde na Escola (PSE), uma ação intersetorial entre o Governo Federal, a Superintendência de Saúde (SAME) e a Secretaria Municipal de Educação, que leva cuidado em saúde aos alunos da rede municipal.
A ação contribui para a prevenção de doenças, o desenvolvimento saudável das crianças e aproxima os serviços de saúde da comunidade escolar.
Neste ano, o programa já passou pelas escolas municipais Ruth Rocha, Hosue Morita Aoki, Antônio Pacheco, Anita Malfatti e Anísio Spínola Teixeira, Lydia Scalet Walker levando atendimento médico e odontológico, verificação da caderneta de vacinação, avaliação de peso e altura, além de orientações sobre higiene bucal e prevenção da pediculose, o famoso piolho, que apresenta maior ocorrência durante o período escolar.